Desa Sekerat tidak terlepas dari sejarah masyarakat Kutai di Kabupaten Kutai
Timur. Desa Sekerat terbentuk tahun 1962. Sebelumnya dulu bernama kampung
Sekurau yang berarti suka bergurau.

Kampung Sekurau termasuk salah satu kampung
tertua di kecamatan Bengalon, dahulu adalah bagian daripada Kecamatan Tenggarong
Kabupaten Kutai Kertanegara lalu berganti menjadi Kecamatan Bontang Kabupaten
Kutai Kertanegara, dan berganti lagi menjadi Kecamatan Sangatta tetapi masih
Kabupaten Kutai Kertanegara.
Karena adanya semangat perubahan tahun 1962 dan pada saat itu Kampung
Sekurau sangat sulit mendapatkan air bersih sehingga pemerintahan kecamatan pada
saat itu memerintahkan kepada pemerintah Kampung Sekurau untuk memindahkan
pusat desa dan warga masyarakat untuk berpindah di Sekerat hinggga sampai saat ini.
Melalui UU Nomor 47 Tahun 1999 tentang pemekaran Wilayah Propinsi dan
Kabupaten yang diresmikan oleh Menteri Dalam Negeri pada tanggal 12 Oktober 1999,
Kabupaten Kutai Timur secara resmi menjadi salah satu kabupaten yang membentuk
pemerintah daerah sendiri. Pada tahun 2005 Kecamatan Bengalon secara administratif
menjadi salah satu kecamatan di Kabupaten Kutai Timur dan Sekerat menjadi bagian
dari Pemerintahan Kecamatan Bengalon hingga saat ini.

Tercatat dari Tahun 1962 Desa Sekerat dipimpin oleh tokoh - tokoh masyarakat,
diantaranya sebagai berikut :

1
• SAID ( Periode 1961 -1966 )

2
• BUTUH - BUTUH ( Periode 1966 -1971 )

3 • BRU'I ( Periode 1971 - 1976 )

4 • HUSIN ( Periode 1976 - 1981 )

5 • MASDAR ( Periode 1986 -1993 )

6 • ABD. HAMID ( Periode 1993 - 1998 )

7 • RUSTAM EFENDI ( Periode 1998 - 2010 )

8 • ARMADIN ( Periode 2011 - 2017 ) 

9• JOHANSYAH ( Pelaksana Jabatan - Pj Sementara 2017 - 2021 )

10 • SUNAN DHIKA ( Periode 2021 - 2027 )